Đoàn trường Đại học Khoa học (ĐHKH) được thành lập từ cuối năm 2002 mà tiền thân là Đoàn Khoa Khoa học Tự nhiên. Từ khi thành lập đến nay, Đoàn trường ĐHKH có vai trò rất lớn trong các hoạt động giáo dục chính trị, truyền thống, đạo đức, lối sống, ý thức chấp hành pháp luật của thanh niên, học sinh.

Các hoạt động tiêu biểu của Đoàn trường ĐHKH: Đại nhạc hội Chào Tân Sinh viên năm 2014, 2016; Các hoạt động tình nguyện, từ thiện: các chương trình tình nguyện mùa Đông tại Bảo Lâm, Bảo Lạc, Cao Bằng năm 2013, tại Yên Sơn, Tuyên Quang năm 2014…các chương trình tình nguyện Mùa Hè Xanh tại các xã vùng sâu, vùng xa thuộc tỉnh Thái Nguyên, Bắc Kạn…Ngoài ra, hoạt động hiến máu nhân đạo, giúp đỡ các gia đình chính sách, ủng hộ đồng bào chịu ảnh hưởng của thiên tai, tình nguyện tại chỗ: lao động công ích, vệ sinh toàn trường, KTX…cũng là những hoạt động được BCH Đoàn trường tổ chức thường niên, có hiệu quả. 

Hoạt động NCKH trong giảng viên trẻ và sinh viên là một trong những điểm sáng trong phong trào Đoàn của trường ĐHKH. Nhiều giảng viên trẻ có những công trình đạt giải thưởng NCKH cấp quốc gia, cấp tỉnh như: Nguyễn Phú Hùng, Phạm Thế Chính, Lê Thị Thanh Hương, Trương Minh Tuyên, Mai Viết Thuận, Ngô Thị Ngoan, Kiều Quốc Lập…Hội nghị Khoa học trẻ là diễn đàn về NCKH cho Đoàn viên, sinh viên cũng được Đoàn trường thường niên tổ chức. 

Đoàn trường ĐHKH đã trải qua 8 kỳ đại hội. Ban Chấp hành Đoàn trường khóa VIII hiện nay gồm 21 đồng chí. Đồng chí Nguyễn Thái Sơn là Phó Bí thư phụ trách Đoàn trường.

Một số hình ảnh hoạt động: